Windows 版と WP7 版の Silverlight の違い
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MSDNライブラリにまとまっています。
Differences Between Silverlight and Silverlight for Windows Phone
ざっと見るならこちらのほうがいいかな？
Features Supported in Silverlight for Windows Phone
Silverlight for Windows Phone でサポートしていないのはざっくりと以下の点。（カテゴライズは私が勝手にやってしまっていますので、間違っているところもあるかも）要は、ブラウザでのサポートがない、通信方法等は制約がある、高機能言語系はまだサポートされていない、という感じですね。
新機能系
ブラウザ系
- ブラウザ内での実行
- Silverlight プラグインオブジェクト参照
- HTML DOM ブリッジ
- JavaScript プログラミング
言語・ランタイム系
- ダイナミックランゲージ（DLR)
- ラムダ式（Expression Tree）
- リフレクション (System.Reflection.Emit)
通信系
- ソケット通信
- Silverlight SDK内の以下の機能
- Windows Presentation Foundation (WPF) コントロール
- WCF データサービス (以前はADO.NET)
- HTTP での全二重通信
- JSON シリアライズ
- RSS / ATOM フィードフォーマット
普通に作っている分には、普通に Silverlight 3ですが、Phone 独特のお作法などについては注意が必要です。